On estime la population sauvage à moins de 600 individus. Les captures illégales pour le trafic d’oiseaux, et la transformation des forêts sèches en pâtures et cultures sont des menaces croissantes à la survie de l’espèce.
L’espèce ne vit plus qu’en quatre populations et probablement pas dans son optimum écologique. La nourriture se faisant rare, le ara de Lafresnaye fait souvent des dégâts dans les champs de maïs, entraînant des conflits homme-ara.
